长线自考是全国高等教育自学考试，也叫做大自学考试，完全由考生购买教材自行学习，然后参加全国统一命题的自考考试；短线自考则是定点应用型自学考试，是全国高等教育自学考试的一种补充形式，是由主考院校出题和组织考试，考生在学校进行学习和考试。
一、报名地点不同
长线自考直接在考生所在地的自考办或自考办官网报名；短线自考则需要在所报考院校报名。
二、学籍管理不同
长线自考的考生在户籍所在地自考办报名取得学籍；短线自考在报考院校报名后，学籍在省教委备案。
三、考试时间不同
长线自考每年的4月和10月进行考试，个别地区会每个季度组织一次考试；短线自考除统考科目与长线自考一样外，其余则由报考院校决定校考时间。
四、报考次数不同
长线自考考生某科目未过可重复多次报考，无时间限制；短线自考某科目未过可参加补考，补考时间在学制规定时间外最多延长三年，过期不能再次报考。
五、命题方式不同
长线自考属于全国统考，考试科目固定，由全国考委和省自考委联合出题和考试；短线自考分统考和校考，统考由考委组织出题和考试，校考则由报考院校自主命题和考试。
六、考试难度不同
长线自考是国家统一出题考试，考试科目多，难度较大；短线自考统考科目较少，且校考是由学校自主出题评卷，难度较小。